新生儿肝脾肿大的治疗，因原发疾病的不同而不同，参见各疾病相关内容。如感染性疾病引起的肝脾肿大，需应用对症抗生素，但由于小儿体质特殊，多种抗生素慎用或禁用：
     1.氨基糖苷类：对儿童的不良反应是耳毒性和肾毒性。耳毒性一方面损害内耳的运动平衡系统，表现为眩晕、恶心、呕吐、眼球震颤和共济失调；另一方面损害内耳的听神经系统，表现为听力减退、迟发性和永久性耳聋。肾毒性是由于此类药物与肾组织亲和力极高，从而引起肾组织肿胀，出现蛋白尿、管型尿、血尿、甚至肾脏急性坏死。
     2.四环素类抗生素：例如：四环素、土霉素、多西环素等，8岁以下儿童禁用。此类药物能与新生成牙齿中的钙结合形成黄色结合物沉着，逐渐变成无荧光的棕色沉着，导致牙釉质发育不良，俗称“四环素牙”。
     3.喹诺酮类：对年幼者的软骨有危害，可抑制软骨的生长。
     4.氯霉素：易引起早产儿和新生儿循环系统衰竭，表现为呕吐、腹胀、腹泻、休克、虚脱、皮肤呈灰紫色、甚至死亡，称为“灰婴综合症”。此药还可抑制骨髓，导致儿童发生不可逆性再生障碍性贫血。
     5.磺胺类药物：例如：磺胺嘧啶、增效联磺等，早产儿和新生儿慎用。此类药物与人体血液中的胆红素竞争血浆蛋白，使胆红素游离，引起早产儿和新生儿黄疸、粒细胞减少等。
     6.一代头孢：有肾毒性。

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