一、质子泵抑制剂与铋剂合用：
二种药物均是消化科常用的药物。质于泵抑制剂能阻断胃壁细胞微泌管膜上的质子泵，使氢离子排出受阻，口服后能迅速提高胃内ＰＨ值，提高抗生素对幽门杆菌的除菌效果，临床多用于消化性溃疡的治疗，常用药物有奥美拉唑、兰索拉哇、泮托拉唑，雷贝拉唑等。铋剂如胶体次枸橼酸铋则需要在胃酸的作用下，以铋盐的形式沉积于胃黏膜，保护溃疡面并发挥抗幽门杆菌的作用。两者同时口服，铋剂因为失去酸性环境而不能发挥有效功能。因此铋剂不宜与质子泵抑制剂同时口服。若是必须同时应用，应错开服药时间，以免影响疗效。
二、铋剂用于上消化道出血的治疗：
各种因素引起的胃酸分泌过多导致胃黏膜损伤是病人发生上消化道出血常见的病因之一。胃黏膜主要分布着大量无平滑肌管壁的毛细血管，因此一般作用于平滑肌细胞的血管止血剂效果较差，而使用制酸剂则可收到较好的效果。其原理是凝血块在ＰＨ值小于５的胃酸中迅速被消化、制酸剂通过提高胃内的ＰＨ值，促进血小板聚集，诱导血浆凝血功能，而达到止血效果。但是，在上消化道出血活动期间，口服铋剂如胶体次枸橼酸铋可以因在胃内形成硫化物出现黑便而影响对出血的评价，另一方面可能会影响制酸剂的疗效，因此不适合用于上消化道出血的治疗。
三、生态制剂合用抗生素：
顽固性腹泻常与滥用抗生素导致肠道菌群失调、条件致病菌大量繁殖有关。生态制剂是临床主要治疗药物之一。常用的活菌制剂有两类：一类制剂如整肠生、米雅ＢＭ片等可以大量消耗肠道内氧，造成厌氧环境，促使厌氧菌生长以利恢复菌群的平衡；另一类如丽珠肠乐、培菲康等药物则直接补充肠道正常菌。活菌制剂原则上不与抗生素合用，以免影响疗效。若必须同时应用生态制剂与抗生素，可考虑应用死菌制剂如亿活胶囊（酵母菌制剂）或乐托尔，该类制剂不受抗生素的影响。
四、氟哌酸合用制酸剂：
肠道感染患者临床上常常表现为腹泻、便血、里急后重、粪便检查白细胞增多等。喹诺酮类药物抗菌谱广，常作为肠道感染首选口服用药。由于胃肠道的症状常常同时并存，部分临床医师常常将氟哌酸与制酸剂合用。然而，制酸剂可影响氟哌酸的吸收，使血药浓度下降，使疗效降低。铝碳酸镁也可以影响该药物的吸收，应避免同时应用。
五、思密达合用抗生素：
思密达含天然双八面体蒙脱石微粒，能覆盖胃肠道黏膜增强黏膜屏障，起到螯合胆盐，清除致病菌及毒素，扶植肠道正常茵群，减少肠道敏感性等作用，为目前治疗腹泻的常用药物。抗生素与之同时口服，可被思密达吸附而排除体外。同时，思密达在肠道可以形成保护膜，而影响抗生素的疗效。若必须同时应用，应相隔２小时以上。
六、柳氮磺胺嘧啶合用抗生素：
柳氮磺胺嘧啶是治疗溃疡性结肠炎常用药物之一。柳氮磺胺嘧啶口服后小部分在胃肠道吸收，其余未被吸收的大部分在回肠末端和结肠由肠道细菌分解成磺胺吡啶和５－氨基水杨酸。该药治病机制主要是通过５－氨基水杨酸抑制前列腺素的合成而发挥作用。若同时应用抗生素将会使肠道细菌量减少，影响药物的分解，降低疗效。因此，柳氮磺胺嘧啶不宜与抗生素合用。近年来应用的艾迪沙等５－氨基水杨酸制剂因无需细菌分解直接发挥作用，因此可不受抗生素的影响。
七、有机磷农药中毒应用能量合剂：
有机磷农药中毒是消化科的危重疾病，发病主要表现为毒物抑制体内乙酸胆碱脂酶使乙酰胆碱积聚而产生的临床征候群。有机磷农药中毒常常伴有多个器官的损害，因此临床常应用能量合剂以辅助治疗。体内乙酰胆碱是由胆碱和乙酰辅酶Ａ在胆碱乙酰化酶的作用下合成的，静脉滴注乙酰辅酶Ａ可加重乙酰胆碱的积聚。乙酰辅酶Ａ主要是通过三羟酸循环氧化，该过程受ＡＴＰ的抑制。补充ＡＴＰ可使三羟酸循环减慢，乙酰胆碱合成增加。因此，有机磷农药中毒抢救中不宜应用能量合剂。
八、西沙比利与抗抑郁药合用：
肠道易激综合症多有动力学和精神方面的异常，促动力药和抗抑郁治疗临床上较为常用。西沙比利为全胃肠动力药，能选择性作用与胃肠壁５－ＨＴ４受体而刺激肠肌间神经丛释放乙酰胆碱进而促进胃肠运动。抗抑郁药丙米嗪、阿米替林、多虑平等多为三环结构化合物，该类药物主要通过阻断去甲肾上腺素和５－羟色氨的再摄取而发挥抗抑郁作用。近年来临床上多应用５－羟色氨再摄取的药物，如帕罗西汀和氟西汀。西沙比利与抗抑郁药同属于单胺氧化酶抑制剂，均能抑制肝脏细胞色素氧化酶Ｐ４５０同工酶。因此，两种药物合用会增强药物对肝脏的毒性。